蘇州工業園區早在2005年就根據吳儀副總理對特殊區域進行“政策疊加、功能整合”的指示，積極探討實現園區內的出口加工區、保稅物流中心B型 和直通式陸路口岸、三區間的聯動。2006年召開的第八次中新聯合協調理事會進一步明確，允許蘇州工業園區開展具有保稅港區功能的海關特殊監管區域試點工作。2006年12月17日，國務院正式批準設立蘇州工業園綜合保稅區。該區域執行保稅港區的相關政策，是目前國內開放層次最高、優惠政策最多、功能最齊全的特殊功能區綜合保稅區整合了海關特殊監管區域的所有功能政策。如國外貨物入區實行保稅，國內貨物入區視同出口、實行退稅，企業在區內不僅可以進行貨物的保稅倉儲和加工、制造業務，還將可以開展對外貿易（包括國際轉口貿易），國際采購、分銷和配送，國際中轉，檢測、維修，商品展示，研發，以及港口作業等業務。相比洋山、天津和大連等保稅港區側重的口岸通關功能，蘇州工業園綜合保稅區直接服務于周邊的加工制造業，為企業提供更為全面的功能平臺，滿足加工貿易的各種需求。
蘇州工業園綜合保稅區是在園區現有的出口加工區、保稅物流中心（B型）、直通式陸路口岸基礎上進行功能整合和政策疊加而形成的，總面積5.28平方公里，本次驗收4.2平方公里，集保稅加工、保稅物流、進出口貿易、采購分銷、金融服務、檢測維修、展示展覽等功能于一體的特殊監管區域。將建立具有口岸作業、保稅物流、保稅加工、國際貿易等多種功能，配套服務完善的綜合保稅區，成為上海洋山港，浦東空港及太倉港在內陸地區的喂給、疏散港，最終發展成為長三角地區制造集群的生產服務業基地和重要的國際貨物集散地。
